1 Shion ~過去の記憶~
2 Prologue
3 Gnosis
4 U-TIC機関
5 心を閉ざした少女
6 Ormus
7 Nephilim
8 温もり
9 The Resurrection
10 虚無の浜辺
11 Green Sleeves
12 Kos-Mos
13 The Miracle
14 Zarathustra
15 Ω
16 Escape
17 Pain
18 Kokoro
19 Shion ~想い~
20 World to Be Born
21 Pain - Piano Version -
22 Opening
23 Battle
24 戦闘終了
25 起動試験
26 想いで
27 覚醒
28 シオンの危機
29 戦闘するKOS-MOS
30 哀しみ
31 Life or Death
32 Game Over
33 Margulis
34 追われる宇宙艇
35 Relief
36 日常
37 U.M.N. Mode
38 Durandal
39 敵艦内への侵攻
40 Kookai Foundation
41 不安
42 Panic
43 Song of Nephilim
44 Inner Space
45 Albedo
46 Proto Merkabah
47 Last Battle