1 出動命令
2 メインタイトル
3 巨大な牙
4 脅威の爪痕
5 湖畔の出来事
6 謎の老人
7 巨大な足
8 眠れる三首竜
9 黒い残像
10 地の神・バラゴン
11 破壊神出現
12 恐怖の上陸
13 忘れられていた恐怖
14 二大怪獣の対決
15 迎え撃つ聖獣
16 海の神・モスラ
17 放たれた英霊たち
18 攻撃準備
19 緊張の一瞬
20 空の神・キングギドラ
21 GMK
22 怒り狂うゴジラ
23 未来を守る決意
24 神秘の力
25 三聖獣の奇跡
26 絶望的な危機
27 ゴジラからの脱出
28 英霊たちに捧ぐ
29 エンドロール(GODZILLAテーマ~怪獣大戦争マーチ~メインタイトル)
30 GODZILLAテーマ
31 怪獣大戦争マーチ
32 SE音源:ゴジラ(鳴声,息,光線)
33 SE音源:バラゴン(鳴声)
34 SE音源:モスラ幼虫(鳴声)
35 SE音源:モスラ(鳴声,通過音)
36 SE音源:キングキドラ(鳴声,飛行音)